Университет Лобачевского является победителем всех крупнейших конкурсных программ, направленных на развитие российского образования и инноваций: в 2006 году ННГУ в числе 17 ведущих российских вузов стал победителем конкурса в рамках приоритетного национального проекта «Образование».В 2009 году ННГУ по результатам конкурсного отбора решением Правительства РФ присвоена категория «Национальный исследовательский университет».ННГУ выиграл семь проектов по привлечению ведущих учёных в российские образовательные учреждения высшего профессионального образования. ННГУ – победитель конкурса по развитию кооперации российских высших учебных заведений и организаций, реализующих комплексные проекты по созданию высокотехнологичного производства. ННГУ – победитель открытого конкурса по отбору программ развития инновационной инфраструктуры, включая поддержку малого инновационного предпринимательства, федеральных образовательных учреждений высшего профессионального образования. ННГУ вошел в Федеральную целевую программу «Развитие фармацевтической и медицинской промышленности Российской Федерации на период до 2020 года и дальнейшую перспективу».